È previsto, inoltre, che questa operazione possa essere eseguita manualmente da riga di comando (opzione enter shell) oppure che sia riutilizzata la scelta già adottata in una precedente sessione di clonazione alla quale non ha fatto seguito il riavvio del computer (skip).

Una volta eseguita la scelta della prima opzione (localdev), clonezilla entra in una fase di attesa per offrire l'opportunità di collegare dispositivi USB esterni e dare al kernel GNU/Linux il tempo di riconoscerli; sarà compito dell'utente interrompere questa fase di attesa (generalmente, sono sufficienti cinque secondi) premendo il tasto invio quando è presumibile che il riconoscimento della periferica USB sia stata completato con successo.